Las funciones de la Oficina de Control Interno están señaladas en la Ley 87 de 1993, artículo 12:
“(…) Artículo 12. Funciones de los Auditores Internos. Serán funciones del asesor, coordinador, auditor interno, o similar, las siguientes:
1. Planear, dirigir y organizar la verificación y evaluación del Sistema de Control Interno.
2. Verificar que el Sistema de Control Interno esté formalmente establecido dentro de la organización y que su ejercicio sea intrínseco al desarrollo de las funciones de todos los cargos y, en particular, de aquellos que tengan responsabilidad de mando.
3. Verificar que los controles definidos para los procesos y actividades de la organización, se cumplan por los responsables de su ejecución y en especial, que las áreas o empleados encargados de la aplicación del régimen disciplinario ejerzan adecuadamente esta función.
4. Verificar que los controles asociados con todas y cada una de las actividades de la organización estén adecuadamente definidos, sean apropiados y se mejoren permanentemente, de acuerdo con la evolución de la entidad.
5. Velar por el cumplimiento de las leyes, normas, políticas, procedimientos, planes, programas, proyectos y metas de la organización y recomendar los ajustes necesarios.
6. Servir de apoyo a los directivos en el proceso de toma de decisiones, a fin que se obtengan los resultados esperados.
7. Verificar los procesos relacionados con el manejo de los recursos, bienes y los sistemas de información de la entidad y recomendar los correctivos que sean necesarios.
8. Fomentar en toda la organización la formación de una cultura de control que contribuya al mejoramiento continuo en el cumplimiento de la misión institucional.
9. Evaluar y verificar la aplicación de los mecanismos de participación ciudadana, que, en desarrollo del mandato constitucional y legal, diseñe la entidad correspondiente.
10. Mantener permanentemente informados a los directivos acerca del estado del control interno dentro de la entidad, dando cuenta de las debilidades detectadas y de las fallas en su cumplimiento.
11. Verificar que se implanten las medidas respectivas recomendadas.
12. Las demás que le asigne el jefe del organismo o entidad, de acuerdo con el carácter de sus funciones.
Parágrafo. En ningún caso, podrá el asesor, coordinador, auditor interno o quien haga sus veces, participar en los procedimientos administrativos de la entidad a través de autorizaciones o refrendaciones.