El proceso de programación tiene como objetivo principal identificar a los sujetos y objetos a evaluar. Este se realiza teniendo presente la exposición de riesgos donde se filtran los procesos con mayor valoración y que pueden afectar el logro de los objetivos organizacionales. Aquí se deben incluir los cinco roles de la Oficina Asesora de Auditoría Interna y los informes establecidos dentro de la ley para ejecutar.

El Programa Anual de Auditorías deber ser aprobado por el Comité Institucional de Coordinación del Sistema de Control Interno. Adicionalmente, se deben validar, a través de un estudio pormenorizado, los recursos con que cuenta la Oficina Asesora de Auditoría Interna. Es decir, calcular el tiempo neto real disponible con que contará el equipo auditor en el año, y establecer cuántas y cuáles auditorías se desarrollan en dicha vigencia.